use File::Compare;    if (compare("file1","file2") == 0) ...

open (CL_UNO,"<CL_UNO.csv") ;
open (CL_DOS, "<CL_DOS.csv")  ;

open (CL_RESULTADO,">>CL_RESULTADO.csv")  ;

while($linUno = <CL_UNO>) {
   chop($linUno);       
   @alinUno=split(";",$linUno);
     
   while($linDos = <CL_DOS>) {
      chop($linDos);
          @alinDos=split(";",$linDos);

       if  if ( $alinUno[0]  != $alinDos[0] )   {   
       print CL_RESULTADO "$linUno \n" ;      }
   }
   seek CL_DOS, 0, 0    ## ir la principio del fichero
}

#!/usr/bin/perl

# Leemos ficheros y lo pasamos a hash,
# siendo la clave el primer campo de la línea
my %uno = map { (split q{;})[0] => $_ } do { open F, "<uno"; <F> };
my %dos = map { (split q{;})[0] => $_ } do { open F, "<dos"; <F> };

# Sacamos las diferencias entre los dos
foreach my $uno ( keys %uno ) {
    print $uno{$uno}                    # Saca la línea de 'uno'
        if not $dos{$uno};              #    si no existe esa clave en 'dos'
}

#!/usr/bin/perl

#Abrimos los ficheros

open (DATABASE, "<$fichero1") || &error('abrir','archivo');
flock (DATABASE,1)||&error('lock','file');
@registros1 = <DATABASE>;
close (DATABASE) || &error('cerrar','archivo');

open (DATABASE, "<$fichero2") || &error('abrir','archivo');
flock (DATABASE,1)||&error('lock','file');
@registros2 = <DATABASE>;
close (DATABASE) || &error('cerrar','archivo');

foreach $a(@resgistros1){

     foreach $b(@resgistros2)  print $_ if $a eq b; # caturo los que son iguales
}