#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

# Leer el fichero
open FICHERO, '<kk.fast' or die "$!\n";
my @lineas = <FICHERO>;
close FICHERO;

# Eliminamos las líneas que no nos interesan
# y creamos la secuencia
my $secuencia;
foreach ( @lineas ) {
    next if /^\s*$/;    # descartamos las líneas en blanco
    next if /^\s*#/;    # descartamos las líneas con comentarios
    next if /^>/;       # descartamos las líneas de cabecera

    $secuencia .= $_;
}
$secuencia =~ s/\s//g;  # quitamos todos los espacios

# Hacemos la búsqueda de los codones de inicio
my $posicion = -1;

do {
    $posicion = index( $secuencia, 'atg', $posicion+1 );
    if ( $posicion != -1 ) {
        print "Encontrado en la posicion $posicion\n";
    }
} while $posicion != -1 ;

__END__