 Mie Jul 23, 2008 3:45 am
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loyvi
Perlero Nuevo
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Registrado: 17 Jul 2008
Mensajes: 4
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| getorf |
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Hola.
Estoy trabajando con un fichero en formato fasta que contiene una secuencia de ADN. Tengo que extraer los distintos orf posibles entre los codones de inicio y de fin desde los 6 marcos de lectura posibles. Mi problema es que en el fichero de salida me salen todas las secuencias posibles excepto la última de la lectura normal y la última de la cadena inversa. No sé si será un error de contadores o de qué pero no soy capaz de sacarlo.
Un saludo.
Gracias. |
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Mie Jul 23, 2008 7:01 am
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explorer
Moderador
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Registrado: 24 Jul 2005
Mensajes: 4143
Ubicación: Valladolid, España
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En estos foros sí que se ha comentado alguna vez sobre el formato fasta. Usa el sistema de búsqueda y busca por esa palabra.
Si no son suficientes, lo recomendable sería publicar todo o parte del código que estás usando. |
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Sab Jul 26, 2008 5:42 pm
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explorer
Moderador
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Registrado: 24 Jul 2005
Mensajes: 4143
Ubicación: Valladolid, España
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| Hoy ha salido una nueva versión del módulo Bio::Grep. Seguro que te sirve para lo que quieres. |
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