Foro - Perl en Espa�ol

B�sico :: RE: Fichero FASTA

Autor: explorer
Publicado: Sab Jul 05, 2008 6:35 pm (GMT -6)
Tema Respuestas: 1

Bienvenido a los foros de Perl en Espa�ol, afry.

Supongamos que tenemos el siguiente fichero en formato FASTA

C�digo:

> sample dna | (This is a typical fasta header.)
agatggcggcgctgaggggtcttgggggctctaggccggccacctactgg
tttgcagcggagacgacgcatggggcctgcgcaataggagtacgctgcct
gggaggcgtgactagaagcggaagtagttgtgggcgcctttgcaaccgcc
tgggacgccgccgagtggtctgtgcaggttcgcgggtcgctggcgggggt
cgtgagggagtgcgccgggagcggagatatggagggagatggttcagacc
cagagcctccagatgccggggaggacagcaagtccgagaatggggagaat
gcgcccatctactgcatctgccgcaaaccggacatcaactgcttcatgat
cgggtgtgacaactgcaatgagtggttccatggggactgcatccggatca
ctgagaagatggccaaggccatccgggagtggtactgtcgggagtgcaga
gagaaagaccccaagctagagattcgctatcggcacaagaagtcacggga
gcgggatggcaatgagcgggacagcagtgagccccgggatgagggtggag
ggcgcaagaggcctgtccctgatccagacctgcagcgccgggcagggtca
gggacaggggttggggccatgcttgctcggggctctgcttcgccccacaa
atcctctccgcagcccttggtggccacacccagccagcatcaccagcagc
agcagcagcagatcaaacggtcagcccgcatgtgtggtgagtgtgaggca
tgtcggcgcactgaggactgtggtcactgtgatttctgtcgggacatgaa
gaagttcgggggccccaacaagatccggcagaagtgccggctgcgccagt
gccagctgcgggcccgggaatcgtacaagtacttcccttcctcgctctca
ccagtgacgccctcagagtccctgccaaggccccgccggccactgcccac
ccaacagcagccacagccatcacagaagttagggcgcatccgtgaagatg
agggggcagtggcgtcatcaacagtcaaggagcctcctgaggctacagcc
acacctgagccactctcagatgaggaccta

Entonces con el siguiente programa

Perl:

#!/usr/bin/perl use strict; use warnings; # Leer el fichero open FICHERO, '<kk.fast' or die "$!\n"; my @lineas = <FICHERO>; close FICHERO; # Eliminamos las l�neas que no nos interesan # y creamos la secuencia my $secuencia; foreach ( @lineas ) { next if /^\s*$/; # descartamos las l�neas en blanco next if /^\s*#/; # descartamos las l�neas con comentarios next if /^>/; # descartamos las l�neas de cabecera $secuencia .= $_; } $secuencia =~ s/\s//g; # quitamos todos los espacios # Hacemos la b�squeda de los codones de inicio my $posicion = -1; do { $posicion = index( $secuencia, 'atg', $posicion+1 ); if ( $posicion != -1 ) { print "Encontrado en la posicion $posicion\n"; } } while $posicion != -1 ; __END__

El resultado es

C�digo:

Encontrado en la posicion 2
Encontrado en la posicion 69
Encontrado en la posicion 228
Encontrado en la posicion 238
Encontrado en la posicion 262
Encontrado en la posicion 289
Encontrado en la posicion 298
Encontrado en la posicion 345
Encontrado en la posicion 367
Encontrado en la posicion 379
Encontrado en la posicion 408
Encontrado en la posicion 505
Encontrado en la posicion 511
Encontrado en la posicion 538
Encontrado en la posicion 618
Encontrado en la posicion 729
Encontrado en la posicion 749
Encontrado en la posicion 795
Encontrado en la posicion 997
Encontrado en la posicion 1069

En estos foros hay m�s ejemplos de tratamiento de secuencias. Usa el enlace 'Busca' y busca por 'BioPerl'. Por ejemplo: http://perlenespanol.baboonsoftware.com/foro/viewtopic.php?t=722
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B�sico :: RE: Unir archivos

Autor: lis
Asunto: UNIR ARCHIVOS
Publicado: Sab Jul 05, 2008 1:01 pm (GMT -6)
Tema Respuestas: 2

Hola explorer: Estoy muy contenta por tus respuestas y agradecida , muchas gracias por tu ayuda porque me has ayudado a simplificar el trabajo.

B�sico :: Fichero FASTA

Autor: afry
Asunto: Fichero FASTA
Publicado: Sab Jul 05, 2008 12:54 pm (GMT -6)
Tema Respuestas: 1

Hola, estoy trabajando con un fichero FASTA que contiene una secuencia de ADN y he de localizar todos los codones de inicio (ATG) e indicar su posici�n. El problema es que no s� muy bien c�mo hacerlo.
Gracias

B�sico :: RE: Unir archivos

Autor: explorer
Publicado: Sab Jul 05, 2008 3:42 am (GMT -6)
Tema Respuestas: 2

Prueba con esto:

Perl:

#!/usr/bin/perl # Es la ruta donde est�n todos los archivos .dat my @ficheros = </home/lis/Desktop/DATOS/datos_met_paranal.dat/200*>; open (TODOSLOSFICHEROS,">todos.dat") or die "$!\n"; foreach $fichero ( @ficheros ) { open (FICHERO, "<$fichero") or die "$!\n"; print TODOSLOSFICHEROS <FICHERO>; close(FICHERO); } close TODOSLOSFICHEROS;

Los cambios son:

El operador diamante (<>) cuando contiene una ruta con un comod�n, se usa para obtener una lista de ficheros. Como es una lista, necesitamos guardarlos en un array. Ah� ten�as el error: al guardarlo en un escalar solo almacenabas uno de esos valores
Luego hay que abrir el fichero donde van a quedar reunidos
Despu�s un bucle que los recorra, uno a uno
Para cada fichero, lo abrimos,
Y todo su contenido es transferido al nuevo fichero. En este caso, al usar el operador diamante en un contexto de lista, nos devuelve todas las l�neas del fichero, que son mandadas por print al nuevo fichero
Cerramos el fichero y a por otro
Al final, cerramos el nuevo fichero

Este, adem�s, es un bonito ejemplo del doble papel que hace el operador diamante: por un lado nos sirve para obtener un listado de ficheros y por otra parte nos sirve para leer de un fichero.

Y tambi�n es un ejemplo de lo lioso de Perl: tenemos un operador que hace dos cosas completamente distintas.

Las normas de estilo m�s modernas, aconsejan simplificar este doble uso. Lo recomendable es dejar el operador diamante solo para leer de ficheros. Para la operaci�n de obtener listados de ficheros es mejor usar la funci�n glob():

Perl:

my @ficheros = glob('/home/lis/Desktop/DATOS/datos_met_paranal.dat/200*');

Otro detalle: el ejemplo que te he puesto es para unir ficheros l�nea a l�nea, pero en tu caso, est�s eliminando los finales de l�nea y sustituy�ndolos por espacios en blanco. Si eso es lo que quieres hacer, puedes probar la siguiente variaci�n:

Perl:

#!/usr/bin/perl # Es la ruta donde est�n todos los archivos .dat my @ficheros = glob('/home/lis/Desktop/DATOS/datos_met_paranal.dat/200*'); open (TODOSLOSFICHEROS,">todos.dat") or die "$!\n"; foreach $fichero ( @ficheros ) { open (FICHERO, "<$fichero") or die "$!\n"; chomp(@lineas = <FICHERO>); close(FICHERO); print TODOSLOSFICHEROS join(' ', @lineas); } close TODOSLOSFICHEROS;

O esta otra:

Perl:

#!/usr/bin/perl # Es la ruta donde est�n todos los archivos .dat my @ficheros = glob('/home/lis/Desktop/DATOS/datos_met_paranal.dat/200*'); foreach $fichero ( @ficheros ) { open (FICHERO, "<$fichero") or die "$!\n"; chomp(@lineas = <FICHERO>); close(FICHERO); push (@todas_las_lineas, join(' ', @lineas) ); } open (TODOSLOSFICHEROS,">todos.dat") or die "$!\n"; print TODOSLOSFICHEROS @todas_las_lineas; close TODOSLOSFICHEROS;

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B�sico :: Unir archivos

Autor: lis
Asunto: Unir archivos
Publicado: Vie Jul 04, 2008 5:52 pm (GMT -6)
Tema Respuestas: 2

Saludos a todos: Tengo 365 archivos .dat que quiero unirnos a todos en un nuevo archivo .dat. Hice el siguiente programa:

Perl:

#!/usr/bin/perl my $data= </home/lis/Desktop/DATOS/datos_met_paranal.dat/200*>;# es la ruta donde estan todos los archivos .dat open (DATA, "<$data"); open (TODOS,">todos.dat"); while ($lineas=<DATA>) { chop($lineas); @datos=split(" ",$lineas); print TODOS "@datos\n"; }

Lo �nico que me hace este programa es guardar el primer archivo .dat y no los 365.

Y gracias a todos los que me ayuden.

B�sico :: RE: Formatos

Autor: explorer
Publicado: Vie Jul 04, 2008 9:24 am (GMT -6)
Tema Respuestas: 5

Perl:

if ( $campos[0] =~ /(.+)\./ ) { $campos[2] = $1 . '.' . $campos[2]; }

La l�nea del if est� comprobando si el primer campo coincide (=~) con un patr�n de b�squeda. Ese patr�n es /(.+)\./ que quiere decir que nos quedamos (()) con todo (.+) lo que hay delante de un punto (\.).

Si hemos encontrado ese patr�n, se ejecuta la siguiente l�nea.

La siguiente l�nea asigna un nuevo valor al tercer campo. Ese nuevo valor es: lo que hemos capturado antes en el primer par de par�ntesis del patr�n ($1), seguido de un punto y seguido de lo que era antes el tercer campo (usamos el operador punto para hacer concatenaci�n de cadenas de caracteres).

El split, sin ning�n par�metro, divide $_ (la l�nea del fichero en este caso), por los espacios en blanco que separan los campos. Y da lo mismo que sean espacios en blanco o tabuladores.
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B�sico :: RE: Formatos

Autor: STM
Publicado: Vie Jul 04, 2008 8:43 am (GMT -6)
Tema Respuestas: 5

Hola.
�Podr�a por favor explicarme qu� significan las dos l�neas del if? porque no entend�.
C�mo es que �l reconoce mi palabra y la copia... yo s� que la $1 va guardar la informaci�n obtenida por la l�nea anterior, �pero esos puntos?
�Y el split va a separar mi l�nea en varias partes seg�n los espacios en blanco que encuentre?

Muchas Gracias

Bolsa de Trabajo :: Analista Programador Oracle Developer, Madrid

Autor: explorer
Asunto: Analista Programador Oracle Developer, Madrid
Publicado: Vie Jul 04, 2008 7:24 am (GMT -6)
Tema Respuestas: 0

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Bolsa de Trabajo :: Inform�tico para laboratorio farmac�utico.Tra..., Madrid

Autor: explorer
Asunto: Inform�tico para laboratorio farmac�utico.Tra..., Madrid
Publicado: Vie Jul 04, 2008 7:22 am (GMT -6)
Tema Respuestas: 0

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Bolsa de Trabajo :: Formador programaci�n perl, Madrid

Autor: explorer
Asunto: Formador programaci�n perl, Madrid
Publicado: Vie Jul 04, 2008 7:16 am (GMT -6)
Tema Respuestas: 0

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Intermedio :: RE: Hacer una b�squeda de otra manera

Autor: netsoul
Publicado: Vie Jul 04, 2008 7:11 am (GMT -6)
Tema Respuestas: 4

Gracias. No s� cu�ntos euros ya debo por la informaci�n.

Experto :: RE: Ajax

Autor: Lor
Publicado: Vie Jul 04, 2008 7:08 am (GMT -6)
Tema Respuestas: 3

�� ESPECTACULAR !!!

Explorer, como siempre de 10. Lo solucion� con escapeHTML();

��GRACIAS!!!!

Bolsa de Trabajo :: Ingenieros Soporte Nivel 1, Lima

Autor: explorer
Asunto: Ingenieros Soporte Nivel 1, Lima
Publicado: Vie Jul 04, 2008 7:08 am (GMT -6)
Tema Respuestas: 0

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Opcional: Conocimientos b�sicos de base de datos Oracle, MySQL.
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Colaboraci�n, trabajo en equipo y trabajo bajo presi�n

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Intermedio :: RE: Hacer una b�squeda de otra manera

Autor: explorer
Publicado: Vie Jul 04, 2008 7:07 am (GMT -6)
Tema Respuestas: 4

Pues no... no mucho m�s... en lugar de escribir las opciones en una sola l�nea como en el GET, en el POST habr�a que ponerlas como elementos de un array.
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Bolsa de Trabajo :: Programadores PERL, PHP, C, C++, JAVA, ASP, Lima

Autor: explorer
Asunto: Programadores PERL, PHP, C, C++, JAVA, ASP, Lima
Publicado: Vie Jul 04, 2008 7:06 am (GMT -6)
Tema Respuestas: 0

Capybara Software SAC.

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